Seminari

Moguće teme za seminare

  1. Bioinformatika i mreže biokemijskih reakcija
  2. Signali za regulaciju gena. Koliko su sačuvani između različitih vrsta? (Nature, 15. svibnja 2003) (Može biti tema za magistarski rad)
  3. Signali za regulaciju gena koji se mogu naću unutar eksona
  4. Postoji li regulacija signala za regulaciju gena pomoću metilacije DNA?
  5. Mehanizam alternativnog cijepanja (“Alternative splicing”)
  6. Pronaći u “Protein Data Bank” protein za koji postoji vrlo velik i protein za koji postoji vrlo mali broj homolognih sekvenca. Testirati algoritme za predviđanje sekundarne strukture na ta dva primjera
  7. Naći primjere u literaturi kada se spominju greške u bankama podataka i istražiti kako je do tih grešaka došlo i koliko su dugo potrajale
  8. Istražiti zašto bi “gen za govor” FOXP2” mogao utjecati na govor. Istražiti pomoću homologije što bi mogao biti njegov “normalni posao” u stanici
  9. Istražiti pomoću homologije što bi mogao biti “normalni posao” priona u gljivici kvasca 
  10. Čemu služe proteini koji imaju visoki postotak glicina i histidina. Da li ih je moguće prepoznati već u DNA sekvenci?
  11. Insulin i starenje
  12. Koliko ima “gena gluhoće” i zašto su važni u konstrukciji organa sluha?
  13. Koliko su važni proteini-motori ako važnost sudimo po njihovoj sačuvanosti?
  14. Koji su proteini važni pri osjećaju bola i koji bi mogao biti njihov mehanizam djelovanja?
  15. Pronaći u literaturi mitohondrijski polipeptid Neandertalca i usporediti njegove sličnosti i razlike sa odgovarajućim polipeptidom Homo sapiensa, čimpanze i miša
  16. Konstrukcija sklonosnih funkcija za porine (može se pretvoriti u magistarski rad)
  17. Poboljšati algoritam SPLIT da brže pretražuje kompletni genom i da bolje razlikuje topljive od membranskih proteina (može se pretvoriti u mag. rad)
  18. Poboljšati algoritam SPLIT tako da koristi homologiju (može se pretvoriti u mag.rad)
  19. Dokazi da “DNA smeće” nije zapravo “smeće” nego igra važnu ulogu u životu stanice i evoluciji vrste
  20. Citoplazmatski signali u integralnim membranskim proteinima
  21. Prepoznavanje signalne sekvencije na N-kraju membranskih proteina
  22. Vrlo pokretni segmenti u integralnim membranskim proteinima (recimo voltažni senzori i loptice za inaktivaciju u voltažnim kanalima). Da li ih neka fizikalno-kemijska svojstva prave prepoznatljivim već u primarnoj strukturi?
  23. Pregled točkastih mutacija u integralnim membranskim proteinima koje su povezane s genetičkim bolestima (može biti tema za mag. rad)
  24. Koliko je dobro zaključena homologija novo-otkrivenog gena adenil-ciklaze pomoću standardnih bioinformatičkih alata? (Ichikawa, Suzuki (1997) Nature 390, 698-701)
  25. Modeliranje fotosinteze pomoću Hillovih dijagrama (može biti tema za magistarski rad)
  26. Optimalni kinetički modeli za rad nekog od proteina-motora (može biti tema za magistarski rad)
  27. Evolucijska stabla (CLUSTAL-W › PHYLIP)
  28. Kako Alu segment regulira gen za nikotinski actilkolin receptor u mozgu? (Lesk, st 214)(Alu segmenata u DNA čovjeka ima 1.4 milijuna kopija, što je oko 10% ljudske DNA. Alu segmenti nađeni su jedino u genomima primata)
  29. Alu eksoni u ljudskom genomu (Nature, 23 svibnja 2003)
  30. Istražiti mogući membranski protein YAR068W iz gljivice kvasca pomoću većeg broja raznih bioinformatičkih alata
  31. Koji su sve geni iz vinske mušice homologni ljudskim genima koji su povezani sa raznim ljudskim bolestima uključujući rak (postoji 289 takvih gena)? Kako se u vinskoj mušici (D. melanogaster) izaziva pojava Parkinsonove bolesti?
  32. Koja je normalna funkcija proteina defektivnog u Menke-ovoj bolesti? Da li se homolog tog proteina može naći u genomu biljke A. Thaliana ? Ako je to moguće, koja je funkcija tog gena u A. Thaliana?
  33. Pseudogeni bez introna. Kako nastaju i koliko ih ima u ljudskom genomu?
  34. U bioenergetici mitohondrija važni su prijenosnici malih molekula između mitohondrija i citoplazme. Takav je prijenosnik ATP molekula. Analizirajte strukturu tih integralnih memranskih proteina pomoću barem 10 raznih bioinformatičkih alata specijaliziranih za analizu strukture membranskih proteina.
  35. Istu vrst analize kao u zadatku/seminaru 34) napravite za gen TFP1 iz gljivice kvasca. Koja je funkcija proteina za koji kodira taj gen?

« home